આ પ્રમાણે લખેલી સત્તાનો જે પ્રથમ ઉપયોગ એણે કર્યો તે દીવાની અને ફોજદારી ઇન્સાફમાં સફાઈ કરવાનો હતો. એનો મુખ્ય ન્યાયાધીશ જે એક મતાંધ સુન્ની હતો અને જેણે પોતાની સત્તા સીઆ લોકોને તથા બીજા બધા કહેવાતા કાફરોને અને વળી અબુલફઝલના ભાઈ ફૈઝીને હેરાન કરવામાં વાપરી હતી તેને બહારથી પૂરા દમામ સહિત મક્કા કહાડ્યો. બીજા એક મોટા આના જેવાજ મતાંધ અધિકારીને પણ અધિકારથી ભ્રષ્ટ કર્યો અને કાયદામાં ધર્મના ભેદ ન ગણકારતાં સુન્ની સીયા મુસલમાન કે હિંદુ ગમે તે ધર્મના હોય તે બધા માણસોને સરખા ગણવાનો, ફોજદારી કે દીવાની ન્યાયાધીશની સમક્ષ આવેલી વાતમાં ધર્મ તત્વને કાંઈ પ્રવેશ ન થવા દેવો, એવો નિયમ સર્વના મગજ ઉપર ઠસાવી દીધો.
આ વખતથી રાજ્યના સુધારા સંબંધી અને એકીકરણ વિષયની યોજના કરવામાં અબુલફઝલ અને ફૈઝી એ બે ભાઈઓ બાદશાહના મુખ્ય વિશ્વાસપાત્ર સલાહકાર થયા. એ બન્નેને એણે ફોજમાં દાખલ કર્યા. કારણકે ફોજની નોકરીથી દરબારમાં એમને યોગ્ય માનમરતબો નિર્ભયતાથી મળી શકે તેમ હતું. અકબરની જૂદી જૂદી સવારીઓમાં એઓ ઘણું કરીને તેની સાથે જતા અને જમીન અને મહેસૂલ સંબંધી બાબતમાં સુધારાનું સૂચન કરતા. બાદશાહના વિચારોને ઉદ્દેશીને સલાહ અને ટેકો આપવાને તેઓ હમેશાં હાજર રહેતા.
દરમિયાન અકબર પોતાની પ્રજાના મોટા ભાગને એના માનવા પ્રમાણે અનુકૂળ પડે એવો, તે કાળની ખાસીયતને તથા પોતાની પ્રજાના વિચારોને અનુસરતા એક ધર્મ સંબંધી કાયદો તૈયાર કરતો હતો. આ કાયદાનું નામ દિન–એ–ઈલાહી–હતું. તેનું મુખ્ય સ્વરૂપ એ હતું. કે–ઈશ્વર એક છે અને અકબર પૃથ્વી ઉપર એનો ખલીફ–એટલે પ્રતિનિધિ છે. ઇસ્લામ ધર્મનાં સ્તોત્રો બહુજ સાંકડા વિચારના અને યોગ્ય ઉદારતાવાળા નહિ માલમ પડવાથી રદ કર્યો અને તેને બદલે પારસીઓના સ્તોત્રોને આધારે વધારે ઉદારતાવાળાં સ્તોત્રો રચાવ્યાં. અને તેનો વિધિ ભાગ હિંદુ શાસ્ત્રમાંથી લીધો. સરકારી દફતરમાં અને બાદશાહી ઉત્સવો સંબંધે જે નવો સંવત્સર ગણાવા માંડ્યો તો પારસીઓનોજ હતો. આ રીતથી મુસલમાન તરફથી કંઈ ઉઘાડે
