પણ હિંદુસ્તાનથી લોભાયેલ, જ્યની ઈચ્છાવાળા સર્વે પુરૂષોની પેઠે કન્દહારના સ્થળમાં પોતાનું નિઃશંક સ્થાપન કરવાની ખરેખરી જરૂર તેને પણ જણાઈ. પોતાના મુલકમાં જાગેલી ખટપટથી બીજી સવારીને જરા વિલંબ થયો. પણ જ્યારે તે ખટપટ શાંત થઈ ત્યારે કેટલીક બહારની બીનાઓ ઉપર લક્ષ આપવાની જરૂર લાગી. એનો જુનો શત્રુ શાઈબાની વળી ફરીથી સમરકંદ ઉપર રાજ્ય કરતો હતો અને કેટલીક બીજી નાની જીતો મેળવ્યા પછી બલ્ખને ઘેરો ઘાલવા આવ્યો હતો. હેરાતના સુલતાન હુસેન મીરઝાંએ આના પ્રયાણથી ગભરાઈને શત્રુ ઉપર ધસારો લઈ જવામાં મદદ માગવા સારૂ બાબરને દૂત મોકલ્યો. બાબરે તરતજ કહેણ સ્વીકાર્યું અને સને ૧૫૦૬ ના જુન મહિનામાં કાબુલથી નીકળી કશમર્દ જઈ પહોંચ્યો અને ત્યાં સામગ્રી એકઠી કરવા અને તેનો સંગ્રહ કરવા સારૂ થોભ્યો. એ આ કામમાં રોકાતો હયો તેવામાં એને એવો સંદેશ મળ્યો કે સુલતાન હુસેન 'મીરઝાં મરણ પામ્યો છે. એ એકદમ આગળ વચ્ચે અને આઠસેં માઈલ સુધીની એક કુચ પછી મરહુમ સુલતાનના શાહજાદાઓને અને તેમના લશ્કરને મુરઘાબ નદી ઉપર મળ્યો.
સુલતાનના બે શાહજાદાઓ સંયુક્તરાજ્યકર્તાઓ (Joint Rulers) તરીકે ગાદીએ બેઠા હતા. બાબર સમજી ગયો કે તેઓ રૂપાળા, ભણેલાગણેલા, બુદ્ધિશાળી પણ જનાની અને ચેનબાજીમાં પૂર હોઈ કઠણ શાઈબાનીની સામે દૃઢ રહેવાને અશક્ત છે. તેઓ હજી છાવણીમાં ચેનબાજી ઉડાવતા હતા, એટલામાં તો આણે તો બલ્ખ લીધું. કેટલાક વિવાદ પછી બે બાદશાહો એવા ઠરાવ ઉપર આવ્યા કે હાલમાં લશ્કરને વીખેરી નાંખવું અને વસંતમાં પાછા મળવું. શિયાળો બેસતો હતો. પોતાના ઠરાવની વિરૂદ્ધ બાબરને તેના આ બે યજમાનોની મુલાકાત લેવા હીરાત જવું એમ સમજાવવામાં આવ્યું. આ રાજ્યધાનીના વર્ણનમાં બાબરે પોતાના આત્મચરિત્ર–લેખનાં પાનાનાં પાનાં ભર્યાં છે. વીસ દિવસ સુધી તે હમેશાં નવી નવી જગાઓની મુલાકાત લેતો અને છેક ૨૪ મી ડીસેમ્બર સુધી તો ઘર તરફ કુચ કરવાનો ઠરાવ તેનાથી થયો નહિ.