પોતાના રાજ્યના છઠ્ઠા વર્ષમાં અને સ્વાવ્યત્ત રાજ્યના પહેલા વર્ષમાં તેણે માળવા પોતાના રાજ્યમાં ફરીથી જોડી દીધું. વર્ષ ઉતરતાં–ચનર અને કર્મનાસાની પશ્ચિમના મુલકના અફઘાન બાદશાહે કરેલા જૌનપુર ઉપર હુમલો લઈ જવાના પ્રયત્નને એના સરદારોએ પાછો હઠાવ્યો અને અકબર પંડે કાલ્પીને રસ્તે જમના નદી ઓળંગી ગંગા નદીના જમણા કિનારા ઉપર અલાહબાદની પાસે આવેલ કરહા સુધી આગળ વધ્યો. વર્ષ પૂરૂં થયું ત્યારે જોધપુરના રાજ્યમાં, જોધપુરથી ઈશાન કોણમાં છોતેર માઈલ ઉપર અજમેરની પેલી પાર આવેલા તે વખતે બહુ અગત્યના મર્ત નામના શહેરને ઘેરો ઘલાયેલ હતો. આ સવારીની બધી સૂચના અકબરે પંડે અજમેર રહેતો હતો ત્યાંથી આપી હતી, પણ તેનો અમલ કરવાનું સેનાપતિઓને સોંપ્યું હતું. રજપૂત દુર્ગરક્ષકોએ બહુ ઉત્સાહથી કિલ્લાનું રક્ષણ કર્યું પણ વળતા વરસના વસંતમાં દુર્ગરક્ષકો પોતાનાં માલમીલ્કત અને બીજી સંપત્તિ રહેવા દઈ માત્ર ઘોડા અને હથીયારો સાથે બહાર નીકળે એવી સરતે તે કિલ્લો સર થયો.
જે વર્ષમાં (૧૫૬૨) માં મર્ત પડયું તેજ વર્ષમાં અકબરના સરદારોએ માળવામાં આગળ વધતાં બીજગઢ અને તાપી નદી ઉપર આવેલ બુહરાનપુર એ બે નગરો પોતાના રાજ્યમાં ઉમેર્યો. પણ આ લાભ પછી એક મહા સંકટ આવી પડ્યું. કારણ કે આ નગરોના અધિકારમાંથી ભ્રષ્ટ કરેલા સુબાઓ માળવાના બાદશાહ સાથે મળી ગયા અને તેમણે પોતાના અમલને ટેવાઈ રહેલા જમીનદારોની મદદ લઈ શહેનશાહના લશ્કર ઉપર મરણીયા થઇને હુમલો કર્યો. બુહરાનપુરમાંથી મળેલી લૂંટથી લાદેલા આ લોકોએ પૂરી હાર ખાધી. ક્ષણભરતો માળવા ગુમાવ્યું. પણ એક વર્ષ વીત્યા પહેલાં મુગલ સરદારોએ મોટાં લશ્કરોની મદદ સાથે પાછું મેળવ્યું. પેલો અફધાન અમીર જે પ્રથમ માળવાનો સુબો હતો તે થોડીવાર રખડ્યા પછી અકબરને શરણે ગયો અને ઇતિહાસકારના શબ્દોમાં “નશીબના કોપમાંથી નાશી છુટવા શરણ માગ્યું.” અકબરે એને એક હજારનો મનસબદાર બનાવ્યો અને થોડા વખત પછી એને બેહજાર માણસોના સરદારના મનસબ (હોદ્દા) ઉપર ચઢાવ્યો. અને
