તેઓને આખરે પકડ્યા અને આગ્રે મોકલી દેવામાં આવ્યા. ત્યાં તેમને આખરે માફી મળી. મુખ્ય ગુનહેગારની માતા પોતાના પુત્રની આ વર્તણૂકના શોકમાં ને શોકમાં ચાલીસ દિવસ પછી મરણ પામી.
થોડાક વખતથી પંજાબના કેટલાક ભાગની સ્થિતિ અકબરને ચિંતાનું કારણ થઈ પડી હતી. ગખ્ખર નામની હમેશાં તોફાની જાતના સરદારોએ કોઈ દિવસ મુગલ શહેનશાહતને અંતઃકરણથી સ્વીકારી ન હતી અને તે દેશની વ્યવસ્થાના સંબંધમાં અકબરે કરેલા હુકમોની અવગણના કરી હતી; એટલે, અકબરે નીમેલા સુબાને માનવાની એમણે ના કહી હતી. ગખ્ખર લોકો આજના રાવલપિંડી જીલ્લાના ઈશાન ભાગ તરીકે ઓળખાવી શકાય તે ભાગમાં હાલ જ્યાં તેમના વંશજો રહે છે ત્યાં જ રહેતા હતા. પોતાનો હુકમ સરજોરીથી માન્ય કરાવવા સારૂં અકબરે એક લશ્કર મોકલ્યું અને તે લશ્કર રસાકસીની થોડીક લડાઈ પછી બંદોબસ્ત કરવામાં ફતેહમંદ થયું.
ગખખરના સરદારને કેદ કર્યો હતો અને તે એવી જ સ્થિતિમાં મરણ પામ્યો. એવી જ રીતે અકબરે કાબુલમાં ઊભાં થયેલાં ફિતુરોને દબાવી દીધાં; અને હુમાયૂંની મહેરબાનીના અબદુલ માલીએ ઉભા કરેલા એક તરકટને ત્વરાથી પહોંચી વળ્યો. આ અબદુલ માલીના ફિતુરને અકબરે વારંવાર દાબી દીધું હતું પણ આ વખતે તો તે મક્કાની હજ્જ કરીને અભિમાન ભર્યો પાછો આવતો હતો. એક બીજા બેદીલ ઉમરાવની સાથે એક યુક્તિ રચીને તે નારનુલ અગાડી બાદશાહી લશ્કરની એક ટુકડી ઉપર તૂટી પડ્યો અને તેનો નાશ કર્યો. એનો કેડો લેવા સારૂ અકબરે એક લશ્કર મોકલ્યું. તે ત્રાસથી કાબુલ નાઠો અને ત્યાંથી અકબર ઉપર પશ્ચાત્તાપના પત્રો લખી મોકલ્યા. આખરે એટલે વળતા વરસની શરૂઆતમાં અબદુલ માલીને બદક્ષાનમાં કેદ કર્યો અને ત્યાં તેને મારી નાંખ્યો.
સને ૧૫૬૪ ની વસંત ઋતુ સુધીમાં, અલાહાબાદની પૂર્વના મૂલકોમાં મુગલ સત્તા સ્થાપવાને અકબરે જે યોજનાઓ કરી હતી તે અમલમાં મૂકી ન હતી. તે વખતમાં પૂર્વના મૂલકની કૂંચી મનાતું ચન્નર અદેલ વંશના એક ગુલામના હાથમાં હતું. અકબરના એક સેનાપતિએ ડરાવ્યાથી આ