બીજા લશ્કરની સાથે રણથમ્ભોર તરફ પોતે જાતે જ સવારી લઈ જવાનો નિશ્ચય કર્યો. આ તેણે વળતા વરસના ૧૫૬૯ ના આરંભમાં જ સિદ્ધ કર્યો. એ કિલ્લાને સર થવાની જરૂર પાડી કે તરત જ તે આગ્રા તરફ પાછો ફર્યો અને રસ્તામાં પેલા ફકીરની દરગાહની મુલાકાતે અજમેરમાં એક અઠવાડીઉં રોકાયો.
આ વર્ષમાં તેણે ફતેહપુર સીક્રી સ્થાપ્યું, જેના વિભૂતિવાળાં ખંડેરો હજી સુધી મુસાફરોને આશ્ચર્યમાં નાંખી દે છે. તબાકતનો કર્તા આ વાત આ પ્રમાણે કહે છે. અકબરને પહેલા બે જીંડવાના પુત્રો થયા, તેમાંનો એક જીવ્યો નહિ. એ વાત જણાવીને પછી કહે છે કે, આગ્રાની નૈઋત્તમાં બાવીસ માઈલ ઉપર આવેલા સીક્રી આગળ શેખ સલીમ ચીસ્તી કરીને એક સૈયદ રહેતો હતો તેણે તેને એક ચિરંજીવી પુત્ર થશે એવી આશીશ આપી હતી. આ આશીશ પૂર્ણ થવાની આશાથી અકબરે રણથમ્ભોરથી પાછા ફર્યા પછી તેની કેટલીક મુલાકાતો લીધી હતી–અને દરેક વખતે દશથી વીસ દિવસ સુધી રહેતો. આખરે તેણે એક કાંઇક ઢોળાવવાળી જમીનની ટોચે એક મહેલ બાંધ્યો, અને આ બાદશાહી મહેલની નજીક ફકીરે એક સુંદર મસજીદ અને મુસાફરખાનું બાંધવાનો આરંભ કર્યો. આ દૃષ્ટાંતથી ઉત્તેજીત થઈ ને દરબારના અમીરો પણ પોતપતાને માટે મકાનો બાંધવા માંડ્યાં.
પોતાનો મેહેલ હજી બંધાતો હતો તેવામાં એની એક રાણીને ગર્ભ રહ્યો અને અકબર એને આ પવિત્ર ફકીરના નિવાસમાં લઈ ગયો. થોડા વખત પછી એણે ગુજરાત જીત્યું ત્યાર પછી આ કૃપાપાત્ર નગરને ફતેહપૂર એવું ઉપનામ આપ્યું. તે વખતથી ઇતિહાસમાં આ જગાને બે નામથી–ફતેહપુર સીક્રીથી ઓળખવામાં આવે છે. આ વર્ષના અંતની નજીકમાં પેલા ફકીરનાજ નિવાસમાં તે રાણીએ એક શાહજાદાને જન્મ આપ્યો. તેનું નામ તે ફકીરના નામ ઉપરથી સલીમ પાડવામાં આવ્યું, પણ ઇતિહાસમાં એ આગળ ઉપર જહાંગીર બાદશાહના નામથી ઓળખાયો. એની જનેતા જોધપુરની રજપૂત રાજપુત્રી હતી. આ બનાવના સ્મરણાર્થે અકબરે ફતેહપુર સીક્રીને હમેશનું રાજનિવાસ બનાવ્યું. તેની આસપાસ એક