વિરોધ થતો ન જણાય પણ કેટલાક મતાંધ અને મગજમાં ધૂણીવાળા મુસલમાન ભાઇઓ બાદશાહના મુખ્ય સલાહકાર ઉપર પુષ્કળ દ્વેષ કરવા લાગ્યા. વળી તે હિંદુ રાજાઓને તથા અમીરોને લશ્કરમાં તથા દરબારમાં મોટા અધિકાર આપતો તે બાબતમાં તેઓ ઘણી ઈર્ષ્યા બતાવતા. ભગવાનદાસ, માનસિંહ, ટોડરમલ, બીરબલ વીગેરે અસાધારણ શક્તિવાળા માણસો હતા તે વાતનો તો તેમને કાંઈ હિસાબજ ન હતો. તેઓ હિંદુ હતા, અને હિંદુ હતા એટલા માટેજ મુસલમાન ઇતિહાસકારોને જ્યારે જ્યારે એમના નામ લખવાં પડ્યાં છે ત્યારે ત્યારે એમના ધર્મ ઉપર તિરસ્કાર બતાવ્યા વિના તથા પરલોકમાં એમને માટે રાખી મુકેલી દુર્દશાનું સૂચન કર્યા વિના ચાલ્યું નથી.
એ વખતે ગોવામાં વસતા પાર્ટુગીઝ લોકોના ધર્મ સંબંધી કાંઈક વાસ્તવિક જ્ઞાન મેળવવાને પણ અકબરે ઈચ્છા બતાવી હતી. ‘ન્યુટેસ્ટામેન્ટ’ ‘બાઈબલ’ નું એક ફારસી ભાષામાં શુદ્ધ ભાષાંતર કરાવવાનો એણે ફરીને હુકમ આપ્યો અને ગોવાના એક ‘મીશનરી’ પાદરી રોડોલ્ફો એકવેટીવાને આગ્રાની મુલાકાત લેવાને બોલાવ્યો.
આ પાદરીની મુલાકાત વખતે ઇબાદતખાનામાં એક પ્રસિદ્ધ ધર્મચર્ચા થઈ. આમાં ઘણા વિદ્વાન મુસલમાન ધર્મશાસ્ત્રીઓ, બ્રાહ્મણો, જૈનો, બુદ્ધ, હિંદુ, ચાર્વાકાદિ નાસ્તિક મતવાળાઓ ખ્રીસ્તી–યહુદી અને ફારસી વિદ્વાનોએ એક પછી એક ભાષણ કર્યાં. આ બનાવ અબુલફઝલે નીચે પ્રમાણે વર્ણવ્યો છે–
“દરેક જણ પોતાના નિશ્ચયો દલીલો સાથે નિઃશંક રીતે રજુ કરતા “અને તીખો વાદવિવાદ લાંબો વખત ચાલતો. દરેક પંથવાળાઓ પોતાનાજ “ખરાપણાના ગુમાનમાં તણાઈને પોતાના સામાવળીયાના મતો ઉપર “આક્ષેપ કરી તેનું ખંડન કરવાનો પ્રયત્ન કરતા એક દિવસ પાદરી “રોડોલ્ફોના આવવાથી ઈબાદતખાનું દીપી ઉઠ્યું. આ પાદરી ખ્રીસ્તી ધર્મ “વેત્તાઓમાં જ્ઞાન તથા ડાહાપણમાં એક્કો ગણાતો હતો. ઘણા તકરારી અને “મતાંધ માણસોએ એમના ઉપર આક્ષેપો કર્યા અને આથી આ સભાની “શાન્તવૃત્તિ અને ઇન્સાફ દેખાડી આપવાનો પ્રસંગ આવ્યો. આ વિદ્વાનોએ “જૂની વાતો રજૂ કરી પણ દલીલ કરી સત્ય શોધી કહાડવાને પ્રયત્ન કર્યો