ત્હેમનો વિરોધ કરવા લાગ્યા પરન્તુ ઈશ્વરચંદ્ર એવી યુક્તિથી કામ ચલાવતા હતા, કે સાહેબ બહાદૂરત્નું કાંઇ ફાવતું નહીં. લે. ગવર્નર હાલિડે સાહેબના કહેવાથી વિદ્યાસાગરે બંગાળાના ચારે જીલ્લામાં જે કન્યાશાળાઓ સ્થાપી હતી ત્હેનું બિલ ડાઇરેક્ટર સાહેબે નામંજૂર કર્યું અને સાથે સાથે એ પણ લખ્યું, કે કન્યાશાળાઓમાં પૈસા ખરચવા એ વર્તમાન શિક્ષણ નીતિની વિરુદ્ધ છે. આથી વિદ્યાસાગરને ઘણું માઠું લાગ્યું અને એમની અને ડાઇરેક્ટર સાહેબની વચ્ચેનો કલહ દૃઢ થયો.
સર ચાર્લ્સ વૂડની સૂચના મૂજબ ઈ. સ. ૧૮૫૩ માં વિશ્વવિદ્યાલય -યુનિવર્સિટીની સ્થાપનાની હીલચાલ થઈ, અને ઈ. સ. ૧૮૫૩ માં કલકત્તા યુનિવર્સિટીનો પાયો નખાયો. આ યુનિવર્સિટીના પ્રથમ સભાસદોમાં વિદ્યાસાગર પણ એક હતા. પ્રથમ વર્ષના કન્વોકેશન અધિવેશન–માં એમને ગવર્નર જનરલની પડખે બેઠક મળી હતી. અને દરેક વાતમાં ત્હેમની સલાહ લેવામાં આવી હતી, એજ વર્ષની ૨૮ મી નવેમ્બરે પરીક્ષક મંડળ નિમાયું. જેમાં સંસ્કૃત, બંગાળી અને હિન્દીના સવાલ પત્રો કહાડવાનું કામ એમને સોંપવામાં આવ્યું હતું. ઈ. સ. ૧૯૫૬ માં એમ. એ. ની પરીક્ષામાં સંસ્કૃતના પરીક્ષક એ નિમાયા હતા. યુનિવર્સિટીની સ્થાપના પછી ત્હેના કેટલાએ અધિવેશનમાં સંસ્કૃત કૉલેજ કહાડી નાંખવાની સૂચના થઈ. ઘણા અંગ્રેજ અને બંગાળી સભાસદોએ એ સૂચનાને ટેકો આપ્યો, પણ એકલા વિદ્યાસાગરની દલિલોએ વિરોધીઓના મ્હોં બંધ કરી દીધો અને સંસ્કૃત કૉલેજ કાયમ રહી.
બંગાળના લેફ્ટેનન્ટ ગવર્નર હાલિડે સાહેબ સાથે એમને ઘણી દોસ્તી હોવાથી, કામકાજ સંબંધી વાતચેત કરવાને માટે એ ઘણી વખત તે ગવર્નર સાહેબને બંગલે જતા હતા, અઠવાડીઆમાં એક બે વખતતો જરૂર જવું આવવું થતું. વિદ્યાસાગરની રહેણી કરણી ઘણી સાદી હતી. એક ધોતીઉં, ખેસ, અને સપાતો એજ એમનો પોશાક હતો અને એજ પોશાકમાં એ ગવર્નર સાહેબને ઘેર પણ જતા. એક દિવસ ગવર્નર સાહેબ ત્હેમને ‘ચોગા ચપકન’ (એક જાતનું નાનું અંગરખું
